Llamada la Basílica Menor. Su construcción comenzó en 1575, en reemplazo de la catedral primitiva (que era "de madera y cañas"). Esta catedral puede considerarse de las más antiguas de América. En 1586 alcanzó a ser afectada por el ataque del pirata Francis Drake, quien, para presionar por el rescate de la ciudad tomada, ordenó volar la nave del edificio, resultando con esto la caída de tres columnas y cuatro arcos, daños los cuales demoraron en ser reparados. Para el 7 de Agosto de 1600 se desplomaron repentinamente la nave mayor y una lateral, sin previo aviso, estando la catedral casi por terminar. La paja terminó cubriendo los daños temporalmente pero no servía de mucho cada vez que había fuerte aguacero. En 1612 quedó terminada por fin, siéndole añadidas unas bóvedas sepulcrales posteriormente. Su altar es de madera en su totalidad y está ricamente adornada con oro.